Die Delegiertenversammlung, die im Wesentlichen einer Generalversammlung entspricht, ist das oberste Organ des MGB. Gemäss Statuten besteht sie aus 100 Delegierten, die nach einem vorgegebenen Schlüssel aus den regionalen Genossenschaften gewählt werden, sowie aus zehn Vertretern der Verwaltungen der zehn Genossenschaften und einer Präsidentin.

Zu den Kompetenzen der Delegiertenversammlung zählen insbesondere die Festsetzung und Änderung der Statuten, die Wahl und Abberufung von Mitgliedern der Verwaltung, die Beschlussfassung über Festsetzung und Änderung der grundsätzlichen Geschäftspolitik der Migros, der Beschluss über die Auflösung des MGB, die Genehmigung von Jahresbericht und Jahresrechnung, der Beschluss über die Verwendung des Bilanzgewinns, die Entlastung der Verwaltung und der Generaldirektion sowie die Wahl und Berufung der Revisionsstelle.

Die Delegiertenversammlung hat im Jahr 2009 zweimal getagt und dabei ihre statutarischen Geschäfte behandelt. Zudem haben die Delegierten über die Regalpreisauszeichnung befunden und wurden über die Integrierte Marketing-Strategie 2009 – 2011 sowie weitere Geschäfte der Migros informiert. An der Herbst-Delegiertenversammlung haben sie sich an  einem Workshop mit den Thesen und Grundsätzen von Gottlieb und Adele Duttweiler auseinandergesetzt.

Die Delegiertenversammlung verfügt über ein Büro (Büro der Delegiertenversammlung) sowie über die permanenten Arbeitsgruppen «Hilfsfonds» und «Geschäftsbericht der Verwaltung», deren Aufgaben und Organisation im Organisationsreglement der Delegiertenversammlung sowie in «Aufträgen» geregelt sind. Daneben besteht die Möglichkeit, für befristete Aufträge Ad-hoc-Arbeitsgruppen einzusetzen.