Das operative Geschäft des Migros-Genossenschafts-Bundes wird durch die siebenköpfige Generaldirektion geführt. Der Präsident der Generaldirektion wird von der Verwaltung ernannt und von der Delegiertenversammlung als Mitglied der Verwaltung bestätigt. Der Präsident der Generaldirektion verfügt über ein Weisungsrecht und trägt die Gesamtverantwortung für die operationelle Geschäftsführung. Die weiteren Mitglieder tragen die Verantwortung für die sechs Departemente: HR, Kulturelles und Soziales, Freizeit; Marketing; Logistik und Informatik; Industrie; Finanzen; Handel.