La gestione operativa della Federazione delle cooperative Migros (FCM) è affidata a una Direzione generale formata da un collegio di sette membri. Il Presidente della Direzione generale è nominato dal Consiglio di amministrazione e confermato dall'Assemblea dei delegati come membro del Consiglio di amministrazione. Il Presidente della Direzione generale ha facoltà di impartire istruzioni e si assume la responsabilità generale della gestione operativa. Gli altri membri della Direzione generale sono responsabili rispettivamente di uno dei sei dipartimenti della FCM: il dipartimento Risorse umane, affari culturali e sociali e tempo libero, il dipartimento Marketing, il dipartimento Logistica e informatica e i dipartimenti Industria, Finanze e Commercio.